BioSupercomputing Newsletter Vol.1

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VPHとのジョイントワークショップを開催

VPHとのジョイントワークショップを開催

ヨーロッパではEUのプロジェクトとしてVirtual PhysiologicalHuman(VPH) Projectが進行中です。このVPHプロジェクトではProf. Peter KohlとProf. Peter Covneyの二人がプロジェクトリーダーとして活躍しています。今回京都で7月に開催された国際生理学会に出席するために来日したコール教授のグループと、我々の生命体統合シミュレーションの間で情報交換し、今後の共同研究の可能性について話し合うワークショップを7月31日理研(和光)で開催しました。コール教授のグループはVPHの中でOxford大学を中心とした研究者が集まり、心臓全体のシミュレーションによる医療貢献を目指しています。

今回理研を訪ねられたのはコール教授、スミスさん、マシンドラさん、クイーンさん、そしてつい最近までオックスフォードで研究員だった岡山大学の入部先生です。最初にまず、一行を理研の持つ3次元内部構造顕微鏡や引っ張り試験器などの実験装置、および理研の新しいスーパーコンピュータRICCと4次元可視化システムに案内しました。3次元内部構造顕微鏡とスーパーコンピュータには大きな興味を示されていました。その後、会議室に移り、茅プログラムディレクターの理研の紹介を含め、双方のプロジェクトを紹介し、議論を通じて内容の理解を進めました。今回は広い話題に議論が広がり発散気味となったため、次回10月頃英国で開催すること(場合によってはTV会議)、それまでに互いにEmailで連絡をとり、提案の検討を進めることが確認されました。その後、今後、互いに協力可能な事項の抽出・提案とともに、今後更に深く互いに共同で取り組めるテーマについて議論しました。なお、今回我々のプロジェクトからは茅プログラムディレクター、高木臓器全身スケール研究開発チームリーダとチーム員他、北陸先端大の松澤先生、横田細胞スケール研究開発チームリーダーとチーム員、理研・情報基盤センター職員と姫野(レポーター)が参加しました。

※凍結包埋した生体試料を薄く削りながら断面を連続的に撮影し、最終的には試料全体の3次元映像を得る装置。顕微鏡、レーザーと組み合わせることで十ミクロンの分解能で観察可能

VPHとのジョイントワークショップを開催

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ご挨拶
次世代計算科学研究開発プログラム プログラムディレクター 茅 幸二
SPECIAL INTERVIEW
生命現象の本質に迫る革新的なアプローチ バイオスーパーコンピューティングによる挑戦が始まる
次世代計算科学研究開発プログラム 副プログラムディレクター 姫野 龍太郎
LEADER’S TALK
生命活動の基礎となる生体高分子が担う機能をシミュレーションによってとらえる
分子スケール研究開発チーム チームリーダー  木寺 詔紀
三次元的に人体の全身モデルを構築して生体内で起こる現象を理解し、医療に役立てる
臓器全身スケール研究開発チーム チームリーダー  高木 周
第4の方法論「データ解析融合」によってバイオロジーを予測可能な科学へと導く
データ解析融合研究開発チーム チームリーダー  宮野
研究報告
レプリカ交換分子動力学法によるアミロイド前駆体蛋白質の膜貫通部位の二量体構造予測
分子スケール研究開発チーム 宮下 尚之 /理化学研究所 基幹研究所 杉田 有治
重粒子線治療シミュレーション
臓器全身スケール研究開発チーム 石川 顕一
ゲノムワイド関連解析と遺伝的、非遺伝的要因による治療予後予測の展望
理化学研究所ゲノム医科学研究センター 鎌谷 直之
ペタスケールコンピューティングを支える基盤技術
生命体基盤ソフトウェア開発・高度化チーム  小野 謙二 / 伊東 聰 / 渡邉 大介
参画機関map /研究開発体制
ワークショップ報告
VPHとのジョイントワークショップを開催
ロゴマークについて/イベント情報/表紙写真について