講習会「やさしいcppmd (超並列高速MD計算コア)ソフトの紹介と利用方法の詳細」のご案内

   ―― 2014年バイオスーパーコンピューティング・ソフト講習会シリーズ ―――


次世代生命体統合シミュレーションソフトウェア研究開発プログラム(ISLiM)がスーパーコンピュータ「京」向けに開発したバイオスーパーコンピューティング・ソフトの中から、「cppmd(超並列高速MD計算コア)」の講習会(実習なし)を下記のとおり開催いたします。特に、「京」や大規模並列環境でのMDコードの開発、使いこなしにご関心のある方はぜひご参加ください。

cppmd: 超並列高速MD計算コア
64万コア以上の超並列MD計算により、生体分子の運動の長時間計算が可能となる100万原子系のサブミリ秒シミュレーションを目指す高速計算プログラム。

- 主催: 理化学研究所 情報基盤センター
- 共催: HPCI戦略プログラム 戦略分野1、(財)都市活力研究所
- 協賛: バイオグリッドセンター関西、生命情報工学研究センター（CBRC）、バイオスーパーコンピューティング研究会　
記

● 開催日時: 2014年3月25日(火) (13:30-15:30)　受付開始 12:45
● 会場: 公益財団法人都市活力研究所 (NPO法人バイオグリッドセンター関西) 会議室　地図
　　 (大阪市北区大深町3-1グランフロント大阪　タワーC 7F)
　　　TEL：06-6359-1322
● 申し込み締切り: 2014年3月24日(月)
● 参加申し込み: 終了しました。
● 定員: 20名
● 参加費: 無料
● 講習会プログラム (時間配分については多少変更される可能性があります。予めご 了承ください。)
  • 講師 大野 洋介 (cppmd開発者、理研 生命システム研究センター (QBiC) 上級研究員)　(配布資料 pdf)
  • 開始: 13:30 (受付開始 12:45)
  • (13:30-14:30) 1. やさしいcppmdソフトの紹介
  • 64万コア以上の超並列MD計算により、生体分子の運動の長時間計算が可能となる100万原子系のサブミリ秒シミュレーションを目指すcppmdプログラムについて、その計算モデル、計算方法、「京」コンピューターのための計算最適化手法等について専門の立場からやさしく詳細に説明します。
  • (14:30-15:30) 2. 利用方法の解説と大規模計算事例の紹介
  • 実際の計算モデルを使って、入力データの作り方、「京」での実行手順、計算結果のポスト処理や解析について実例を示しながら解説を行います。
    また「京」コンピューターを使用した最大規模の計算事例についても詳しく紹介します。
  • 終了: 15:30


問い合わせ先: ISLiM研究開発ソフト・アウトリーチ担当 (Email: islim-scls-contact@riken.jp)