次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発プログラム (略称ISLiM)では、2006年10月のプロジェクト開始以来スーパーコンピュータ「京」をターゲットにしたライフサイエンス分野のソフトウェアの研究開発、いわゆるライフサイエンスのグランドチャレンジへの取り組みを、分子スケール、細胞スケール、臓器全身スケール、脳神経系、データ解析融合、および生命体基盤ソフトウェアに渡って包括的におこなってまいりました。またその実現のために必要な実験による医学研究等も合わせて行なってまいりました。
つきましては、2013年3月末のプロジェクト・ゴールを迎えるにあたり、現在までの本プロジェクトのソフトウェア研究開発の成果・内容等についてご報告いたしたく、下記のとおりISLiMソフトウェア研究開発報告会を開催いたします。
同時に、研究開発を行なってきた約30のアプリケーション・ソフトウェアについてパネル展示による個別の説明の場を設けていますので、産業利用等のためのご検討の場としていただければ幸いです。
産業界、大学、研究機関等から広く多数の皆様のご参加をぜひお願い申し上げます。
開催日時: 2013年1月10日(木)-11日(金) (10:00開始) (受付:9:30開始)
会場: 東京大学 武田ホール (本郷キャンパス、武田先端知ビル5F)
主催: 文部科学省委託事業「次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発」
協賛: 次世代スパコンの創薬産業利用促進研究会
バイオスーパーコンピューティング研究会
申し込み締切り: 2013年1月8日(火)
参加申し込み: Webからの参加申込みは締め切りましたので、当日受付にてお申込みください。
参加費: 報告会 (無料)。懇親会 (5,000円)
懇親会ご参加の方は当日受付にて現金でお支払い下さい。
プログラム
つきましては、2013年3月末のプロジェクト・ゴールを迎えるにあたり、現在までの本プロジェクトのソフトウェア研究開発の成果・内容等についてご報告いたしたく、下記のとおりISLiMソフトウェア研究開発報告会を開催いたします。
同時に、研究開発を行なってきた約30のアプリケーション・ソフトウェアについてパネル展示による個別の説明の場を設けていますので、産業利用等のためのご検討の場としていただければ幸いです。
産業界、大学、研究機関等から広く多数の皆様のご参加をぜひお願い申し上げます。
バイオスーパーコンピューティング研究会
参加申し込み: Webからの参加申込みは締め切りましたので、当日受付にてお申込みください。
懇親会ご参加の方は当日受付にて現金でお支払い下さい。
プログラム
配布資料集 (24MB) ->(高解像度版 (44MB) ->
| 時間 | (分) | DAY1 (1/10) | |
| 10:00-10:15 | (15) | ● オープニング | |
| 茅幸二 プログラムディレクター | |||
| 10:15-10:45 | (30) | プロジェクト総合報告 | |
| 姫野龍太郎副プログラムディレクター | |||
| 10:45-11:55 | (70) | 分子スケール研究開発チーム成果報告 (1/2) | |
| ・MM/CGプログラムμ2-libによるタンパク質の大規模サンプリング | 木寺 詔紀 (理研/横浜市大) | ||
| ・Replica-exchange interface program: REIN | 宮下 尚之 (理研) | ||
| ・全原子分子動力学計算ソフトウエアMARBLEの開発と多剤排出トランスポーターAcrBへの応用 | 池口 満徳 (横浜市大) | ||
| ・タンパク質カノニカル分子軌道法ProteinDFの京対応版プログラムの 公開 |
佐藤 文俊 (東大) | ||
| 11:55-12:50 | (55) | □ ランチタイム | |
| 12:50-13:50 | (60) | ◆ ポスター展示説明および休憩 | |
| 講演会場前 (5Fホワイエ) | |||
| 13:50-14:45 | (55) | 分子スケール研究開発チーム成果報告 (2/2) | |
| ・粗視化分子シミュレーションソフトウエアCafeMolの開発と遺伝子動態研究 | 高田 彰二 (京大) | ||
| ・酵素分子の柔らかさと触媒活性：ハイブリッドQM/MM自由エネルギー法の 開発 |
林 重彦 (京大) | ||
| ・Platypus-QM/MMの開発と応用 | 鷹野 優 (阪大) | ||
| 14:45-15:35 | (50) | 細胞スケール研究開発チーム成果報告 | |
| ・細胞スケール研究開発チーム成果統括報告 | 横田 秀夫 (理研) | ||
| ・血小板細胞シミュレーターの開発 | 後藤 信哉 (東海大) | ||
| 15:35-16:20 | (45) | ◆ ポスター展示説明および休憩 | |
| 講演会場前 (5Fホワイエ) | |||
| 16:20-18:05 | (105) | データ解析融合研究開発チーム成果報告 | |
| ・大規模遺伝子ネットワーク推定とその応用 | 宮野 悟 (東大) | ||
| ・大規模ゲノム多型データと表現型データを関連付ける新規アルゴリズムの開発と、妥当性、有用性の検討 | 角田 達彦 (理研) | ||
| ・大規模タンパク質ネットワーク推定とその応用 | 秋山 泰 (東工大) | ||
| ・生命体シミュレーションのためのデータ同化技術の開発 | 樋口 知之 (統数研) | ||
| 18:10-19:30 | ◯ 懇親会 | ||
| 講演会場前 (5Fホワイエ) | |||
| 時間 | (分) | DAY2 (1/11) | |
| 10:00-10:15 | (15) | ● DAY2オープニング | |
| 10:15-12:00 | (105) | 臓器全身スケール研究開発チーム成果報告 | |
| ・臓器・全身スケール研究開発チームにおけるソフトウェア開発 | 高木 周 (理研/東大) | ||
| ・次世代超音波治療機器開発のための生体内超音波伝播 シミュレータ(ZZ-HIFU) |
沖田 浩平 (日大) | ||
| ・大規模並列計算に適した流体構造/膜連成手法 (ZZ-EFSI) | 杉山 和靖 (理研) | ||
| ・UT-heartによるサルコメア力学から心筋細胞構造を経て 心拍動にいたるマルチスケール解析 |
鷲尾 巧 (東大) | ||
| 12:00-13:00 | (60) | □ ランチタイム | |
| 13:00-14:00 | (60) | ◆ ポスター展示説明および休憩 | |
| 講演会場前 (5Fホワイエ) | |||
| 14:00-15:45 | (105) | 脳神経系研究開発チーム成果報告 | |
| ・神経系の大規模シミュレーション | 石井 信 (京大) | ||
| ・NESTによる局所回路シミュレーション | 五十嵐 潤 (理研) | ||
| ・Multi-scale simulation of subcortical visual systems with real-time robotic visuo-motor feedback | Jan Moren (沖縄科技大) | ||
| ・大規模数理モデル構築プラットフォームによる視覚系数理モデルの 構築 |
臼井 支朗 (理研/豊橋技科大) | ||
| ・「京」による無脊椎動物嗅覚系シミュレーション －背景と現状と将来への展開－ |
神崎 亮平 (東大) | ||
| 15:45-16:30 | (45) | ◆ ポスター展示説明および休憩 | |
| 講演会場前 (5Fホワイエ) | |||
| 16:30-17:45 | (75) | 生命基盤ソフトウェア開発・高度化チーム成果報告 | |
| ・ISLiMソフトウェアの高度化 | 泰地 真弘人 (理研) | ||
| ・MDコアプログラムの最適化と性能評価 | 大野 洋介 (理研) | ||
| ・合成可能な化学構造および反応スキームからなる大規模仮想ライブラリの 構築 |
船津 公人 (東大) | ||
| 17:45-18:00 | (15) | ● クロージング | |